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技术文章

实验干货--怎样选择合适的血浆游离DNA提取试剂

1、什么是血浆游离DNA?

血浆游离DNA,是指血液中游离于细胞外的DNA,其来源主要有三:白细胞崩解释放的DNA、坏死组织特别是肿瘤组织释放入血液的DNA和感染病毒、细菌的DNA。目前,游离DNA已作为新的生物标志物用于临床孕妇产前诊断、肿瘤检测、器官移植术后排斥和感染检测等领域。


2、如何选择血浆游离DNA的提取试剂?

血液中游离DNA含量一般较低,片段较小,不易提取,这大大影响了游离核酸的基因检测和各种研究的开展。一个合适的血浆游离DNA提取试剂需要操作简单、富集性能好、纯度高、产量大等特点。如果目标基因丰度较低,需要较多的血浆进行富集提取,则需要选择专门的血浆DNA富集提取试剂。

血清、血浆样本中游离核酸含量较低,根据Qiagen公司数据,1mL血浆样本DNA提取得率只有7.35ng左右(图1)。这么低的核酸浓度,如果直接用紫外法检测,得出的数值并不准确,而且多次测量的结果会变异很大。有些研究者提取血浆核酸后习惯于先用紫外检测浓度,发现紫外检测不出来或浓度很低时便认为提取失败,放弃后面进一步的实验,其实并不可取。我们可以把紫外读数作为参考,但是不能作为判断得率的标准,好还是要做个PCR或荧光定量。根据Qiagen公司的实验,血浆的量与提取的核酸量成正比。因而,如果要提高核酸得率,可通过增加血浆的量来实现。一般地,做血浆核酸提取,样本量好在1mL以上。如果1mL或更大量样本得不到满意的检测结果,则应及时考虑更换提取试剂盒。目前国内常用的Qiagen、Biog血浆核酸提取试剂盒核酸提取的得率都很不错,基本上能够满足绝大多数实验的要求。


图1 Qiagen关于cfDNA得率的数据图


图2 Biog血浆DNA提取试剂盒做血浆样本DNA提取,Q-bit测浓度无读数,PCR检测结果靶基因(CT 25左右)以及内参(CT 21左右)扩增曲线


3、血浆游离DNA提取试剂比较

质粒DNA回收实验:取1支1.5mL离心管,加入1mL健康人血浆样本,再加入40uL 0.5x10-8ug/uL的小鼠GAPDH质粒溶液,混匀。用BIOG血浆游离DNA提取试剂盒(中提)提取此1mL血浆样本DNA,40uL洗脱液洗脱,分别取提取的小鼠血浆总DNA和小鼠GAPDH质粒溶液,进行qPCR检测,检测CT值分别为CT1=31.25、CT2=31.38、CT3=30.95、CT4=30.86,表明血浆DNA提取回收效率较高,富集性能。

与某知名品牌Q比较,取2支1.5mL离心管,1支加入200uL乙肝病人血浆样本,1支加入1mL乙肝病人血浆样本。按Q公司血浆提取说明书,提取200 uL血浆样本DNA,用BIOG血清血浆游离DNA提取试剂盒(中提)提取1mL血浆样本DNA,分别用40uL洗脱液洗脱,qPCR检测,BIOG血清血浆游离DNA提取试剂盒(中提)提取DNA检测CT值为32.08,而Q公司试剂盒提取的DNA检测CT值为34.32。可见,BIOG血清血浆游离DNA提取试剂盒(中提)具有的富集提取性能,非常适合于一些靶基因含量较低的样本或较弱阳性的样本DNA提取。


图3 取1mL健康人血浆,加入40uL0.5x10-8ug/uL的小鼠GAPDH质粒,用BIOG血清血浆游离DNA提取试剂盒(中提)提取,40uL洗脱液洗脱,与小鼠GAPDH质粒溶液一起做qPCR检测,CT值分别为CT1=31.25、CT2=31.38、CT3=30.95、 CT4=30.86,表明血浆DNA提取回收效率较高,富集性能。


图2 BIOG血清血浆游离DNA提取试剂盒(中提)提取1mL乙肝病人血浆DNA,与Q公司试剂盒提取200uL血浆DNA qPCR检测结果,结果相差2个CT值以上,表明BIOG血清血浆游离DNA提取试剂盒(中提)具有的血浆DNA富集提取性能。

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